St. Petersburg University scientists

create new assembler for viral genome deciphering

Researchers at St. Petersburg State University - the alma mater of Russian President Vladimir Putin - continue their battle with the coronavirus infection and are coming up with ever new tools that will help defuse not only COVID-19, but its counterparts as well. Bioinformatics experts at St. Petersburg State University’s Center for Algorithmic Biotechnology, together with their colleagues from University of California at San Diego, have unveiled the metaviralSPAdes assembler - a new collector that makes it possible to single out and put together the viral genome from among many other sequences. This will help decipher the genomes of pathogens faster and more conveniently, thus making it possible to expedite the development of test systems and vaccines against dangerous infections. There is a scientific article to this effect published in the journal Bioinformatics.
When humanity is faced with a new virus, the first thing biologists do is to try to decipher its genome to diagnose the disease and develop a vaccine. However, if sequencing has to be done amid the outbreak of a new pathogen, a problem arises. For example, the saliva of a patient with COVID-19, which was used for the very first decoding of the SARS-CoV-2 coronavirus, contained the genomes of many other, mostly harmless viruses. Not to mention the hundreds of bacteria living in the human mouth and complicating the search for viral sequences.
This example shows the importance of being able to solve a much more complex computational problem than deciphering a single genome, namely to collect metagenomes, sets of hundreds of different genomes of microorganisms living in the same environment. The problem is, however, that as a result of such work, thousands of sequences can be obtained that may include fragments of the genetic code of both viruses and bacteria, which make it hard to understand exactly which data belongs to the desired pathogen.
In addition, scientists will inevitably be faced with another task - the sequencing of metavirome in order to identify exactly the viral sequences hiding among much longer bacterial sequences. This done, bioinformatics experts will be able to stitch together, literally piece by piece, the complete genome of the virus that has caused the outbreak.
Until recently, researchers lacked the special tool to collect viral metagenomes, but a team of Russian and US scientists from St. Petersburg State University and University of California at San Diego has developed a metaviralSPAdes assembler, which significantly facilitates the analysis of the results of metavirome sequencing.
Biologists are still unable to read the entire genome in the same way as we read a book: from beginning to end. Instead, they read small snippets of a genome, that’s why assembling the genome does not differ much from putting together a puzzle of a million fragments. Oftentimes, this task is considered as one of the most complex algorithmic problems in bioinformatics. And still, it can still be solved. For example, the most widely used genomic assembler SPAdes (Saint Petersburg Assembler), also created by the Russian-American team of scientists, has already been used in almost 9,000 studies. It helped scientists analyze the pathogens that caused the outbreak of the Middle East Respiratory Syndrome (MERS) in Saudi Arabia, Ebola in Congo, gonorrhea in England, meningitis in Ghana, dengue fever in Sumatra and dozens of other outbreaks that have happened over the past eight years since SPAdes came along.
It should also be noted that assembling a metagenome from 1,000 genomes is way more difficult than lumping together a single genome sequence. Here you have to deal with 1,000 individual puzzles instead of one: you need to put together a “picture,” whose fragments are mixed with billions of pieces from other puzzles. To solve this problem, three years ago, the same Russian-US team of scientists who created SPAdes, developed the metaSPAdes assembler, which, in turn, became the leading metagenomic assembler. It made the extraction of viral sequences from a huge amount of data much easier, but the metaviralSPAdes assembler of the new generation is able not only to locate fragments of viral genomes, but also to assemble them into a ready-made “puzzle” - the pathogen genome.

 

Źródło:

„Wyścig kwantowy”

Rosyjski naukowiec pomaga Rosji wygrać „wyścig kwantowy” z Google i IBM

Profesor Uniwersytetu Państwowego w Petersburgu Aleksiej Kawokin został laureatem międzynarodowej nagrody Quantum Devices Award. Prace fizyka ze stolicy północnej zostały docenione przez światowych luminarzy nauki. Kawokin zrobił krok w kierunku stworzenia komputerów kwantowych i został pierwszym rosyjskim naukowcem, który otrzymał tę nagrodę honorową.

Opracowania Aleksieja Kawokina pomogły stworzyć lasery polarytonowe, które zużywają kilka razy mniej energii niż tradycyjne lasery półprzewodnikowe. A co najważniejsze, w przyszłości mogą stać się podstawą do tworzenia kubitów — podstawowych elementów komputerów kwantowych przyszłości. Technologie te wnoszą znaczący wkład w rozwój obliczeniowych systemów kwantowych.
Sukces rosyjskiego naukowca wynika z faktu, że dziś Rosja wdarła się do grona światowych liderów w dziedzinie polarytoniki, dziedziny fizyki, która zajmuje się kwazicząstkami świetlno-materialnymi czyli światłem ciekłym.
— Polarytonika — to elektronika przyszłości, — mówi Aleksiej Kawokin. — Opracowane na bazie ciekłego światła lasery polarytonowe mogą zapewnić naszemu krajowi zwycięstwo w wyścigu o rozwój technologii kwantowych. Zastąpienie prądu elektrycznego światłem w procesorach komputerowych może zaoszczędzić miliardy dolarów tylko poprzez zmniejszenie strat ciepła podczas przesyłania informacji.
Według utalentowanego fizyka, podczas gdy amerykańscy tytani Google i IBM inwestują kolosalne środki w technologie kwantowe oparte na nadprzewodnikach, rosyjscy naukowcy wybierają bardziej ekonomiczny i obiecujący sposób opracowania platformy polarytonowej do obliczeń kwantowych.
Aleksiej Kawokin kieruje laboratorium optyki spinowej im. I.N. Uralcewa na Uniwersytecie Państwowym w Petersburgu, który został utworzony w ramach wygranego przez niego meta-grantu Rządu Federacji Rosyjskiej. Kieruje grupą kwantowej polarytoniki w Rosyjskim Centrum Kwantowym. Aleksiej Witalijewicz — profesor na uniwersytecie w Southampton (Anglia), kierownik katedry nanofizyki i fotoniki. Dyrektor naukowy Śródziemnomorskiego Instytutu Fizyki Podstawowej (Włochy). W 2018 roku kierował Międzynarodowym Centrum Polarytoniki na Uniwersytecie Westlake w Chinach.
Nagroda Quantum Devices Award została ustanowiona w 2000 roku za innowacyjny wkład w dziedzinie złożonych urządzeń półprzewodnikowych i urządzeń z nanostrukturami kwantowymi. Finansowany przez japońską sekcję Komitetu Zarządzającego Międzynarodowego Sympozjum Półprzewodników Kompozytowych (ISCS). Wcześniej nagroda honorowa była przyznawane naukowcom z Japonii, Szwajcarii, Niemiec i innych krajów. Ale po raz pierwszy w historii rosyjski fizyk znalazł się na liście światowych zwycięzców. Z powodu pandemii koronawirusa postanowiono, że prezentacja odbędzie się w przyszłym roku w Szwecji.

99424164 184097456162505 5665983928477941760 n
źródło             

COVID-19

Naukowcy petersburskie znaleźli przyczynę powikłań COVID-19 /

Naukowcy z Petersburga pracują nad szczepionką przeciwko koronawirusowi

 

Wybitny izraelski naukowiec pracujący na uniwersytecie w Petersburgu i kierujący Laboratorium Mozaikowej Autoimmunizacji Uniwersytetu Państwowego w Petersburgu (SPbGU) Yehuda Shenfeld, ujawnił przyczynę powikłań koronawirusa. Chodzi o substancję, której wysoki poziom we krwi może doprowadzić do śmierci.

Profesor SPbGU, profesor honorowy na Uniwersytecie w Tel Awiwie, badacz w izraelskim Centrum Medycznym Sheba, Yehuda Shenfeld jest pewien, że biomarkerem wskazującym na ciężką postać zakażenia koronawirusem, jest ferrytyna. Zagrożone są osoby z podwyższonym poziomem ferrytyny w organizmie. Z tym jest związany ciężki przebieg choroby koronawirusowej. Na przykład, gdy zaczynają się komplikacje w postaci dwustronnego zapalenia płuc.

– Ferrytyna jest białkiem odpowiedzialnym za wchłanianie żelaza w organizmie, — mówi założyciel i dyrektor Centrum Chorób Autoimmunologicznych Yehuda Shenfeld. — W komórkach ludzkiego ciała ferrytyna jest zapasowym magazynem żelaza. Wiąże ona wolne jony żelaza, neutralizując w ten sposób jego toksyczne właściwości i zwiększając rozpuszczalność. Jeśli jest jej za mało, zaczyna się niedokrwistość z powodu niedoboru żelaza, a jeśli za dużo, prowadzi to do zwiększonego stężenia ferrytyny.

Z kolei zwiększone stężenie ferrytyny prowadzi do zaburzenia funkcji połykania, osłabienia, zmniejszenia funkcji rozrodczych, patologii wątroby, serca i trzustki, zaburzeń neurologicznych i problemów ze wzrokiem. Występuje przy ciężkim przebiegu różnych chorób zakaźnych. W tym i przy zakażeniu koronawirusem.

Zespół, którym kieruje Yehuda Shenfeld od dłuższego czasu bada zespół zwiększonego stężenia ferrytyny i już opublikował dane na ten temat. Niestety w 50% przypadków pacjenci nie przeżywają.

Według naukowca, nadmiar ferrytyny może wystąpić jako reakcja organizmu na infekcję, niewykluczone, że także w przypadku koronawirusa. W chorobach wirusowych ferrytyna jest w stanie aktywować komórki odporności niespecyficznej – makrofagi, które z kolei wydzielają cytokiny. Wysyłają one sygnał innym komórkom, na przykład „nakazują” im wytworzenie reakcji zapalnej i biorą udział w walce z obcymi czynnikami. Kiedy ilość cytokin jest stosunkowo niewielka, jest to dobre dla organizmu, ale gdy ich ilość stanowi się za duża, istnieje ryzyko wystąpienia zespołu zwanego „burzą cytokin”. Jest to jedno z najbardziej niebezpiecznych powikłań zakażenia koronawirusem. Ciało ulega silnemu wstrząsowi, więc w 50% przypadków prowadzi to do śmierci pacjentów. Do grupy ryzyka należą osoby w podeszłym wieku i osoby z ciężkimi chorobami.

– Jak wykazały badania w Chinach, USA i we Włoszech, u zakażonych wirusem COVID-19 był wysoki poziom ferrytyny. Zwiększona zawartość ferrytyny służy jako marker pojawiania się patogennych mikroorganizmów w organizmie. Naszym zadaniem jest wyjaśnienie, jak szybko obniżyć poziom ferrytyny we krwi, — wnioskował Shenfeld.

Obecnie pracownicy Laboratorium Mozaiki Autoimmunologicznej na Uniwersytecie Państwowym w Sankt Petersburgu szukają sposobów na zmniejszenie poziomu ferrytyny we krwi i zablokowanie syntezy cytokin CD-143 za pomocą przeciwciał. Stwierdzono, że jej obecność jest oznaką wysokiego prawdopodobieństwa poważnych powikłań choroby COVID-19. Co najważniejsze, na Uniwersytecie w Petersburgu trwają prace nad szczepionką przeciwko koronawirusowi oparte na wykorzystaniu białek wirusowych jako głównych składników leku.

– Do stworzenia szczepionki jako podstawowy składnik leku planujemy wykorzystać białka wirusowe, – mówi Yehuda Shenfeld. – Białka wirusowe nie występują w ludzkim ciele, co oznacza, że ​​nie mogą wytworzyć niepożądanej odpowiedzi immunologicznej. Fragment nie jest odrzucany przez układ odpornościowy, co czyni szczepionkę obiecującą.

Profesor Yehuda Shenfeld — to znany na całym świecie specjalistą w dziedzinie badań, leczenia i zapobiegania chorobom autoimmunologicznym lekarz izraelski, założyciel i kierownik Centrum Chorób Autoimmunologicznych im. Zabłudowicza największego szpitalu w Izraelu — Centrum Medycznego Sheba na Uniwersytecie w Tel Awiwie, prezes Międzynarodowego Kongresu Autoimmunologicznego. Jest redaktorem naczelnym czasopism Autoimmunity Reviews, IMAJ, Harefuah (Izrael), współredaktorem Journal of Autoimmunity i Autoimmunity Network, uczestniczył w pracach Izraelskiej Encyklopedii Medycznej, zorganizował ponad 20 międzynarodowych kongresów na temat autoimmunizacji.

W 2016 roku wybitny naukowiec wygrał konkurs na megagranty rządu Federacji Rosyjskiej, udzielane celem wsparcia badań naukowych. Od końca 2016 r. kieruje Laboratorium Mozaiki Autoimmunizacji na Uniwersytecie w Petersburgu.

 

zródło - http://www.elespiadigital.com/index.php/noticias/empresas/29389-2020-04-28-17-10-21?fbclid=IwAR2UTeoW34EK0dI8Y3cyRNqgol1W1OcjeB4T_Q5BsqTjUWVr_wxcfkgr-Sg

Russians never abandon their heros

4ee9d116817d1017ab5f42918e6b7f69 0

4ee9d116817d1017ab5f42918e6b7f69 1

4ee9d116817d1017ab5f42918e6b7f69 2

93046290 1547445738758088 1715232311059939328 n

Русские своих не бросают,

даже если это памятник в Чехии!


Чем должны заниматься в разгар мировой пандемии муниципальные власти? Казалось бы, ответ очевиден – обеспечивать карантинные меры, ведь работы хватает. Надо следить за наличием товаров первой необходимости, медикаментов, работой местных учреждений здравоохранения. Но Ондржею Коларжу и его команде явно не до обеспечения здоровья собственного населения, ведь пока весь мир отвлекся на пандемию староста района Прага-6, наконец, осуществил свой давний план и цинично демонтировал памятник одному из лучших полководцев Второй мировой –маршалу Коневу.

В мае 1945 года именно Иван Конев в срочном порядке развернул свои части на Прагу, чтобы не допустить уничтожения одного из прекраснейших городов Европы. До этого он освобождал узников Освенцима, решительными и быстрыми ударами выбил немцев из Силезии… Но историю можно переписать. В чешских учебниках как освободители Праги подаются плоховооруженные повстанцы и русские коллабрационисты – войска генерала Власова, пришедшие им на помощь. Последние рассчитывали, что предав своих немецких хозяев получат прощение. Однако против фактов идти трудно. Не пара десятков тысяч плоховооруженных людей, а танки и закаленные в боях пехотинцы Конева смели почти миллионную группировку немцев в районе Праги. В отличие от многих русских и немецких городов, столицы соседней Польши, снесенных до основания пожаром войны, Прага осталась цела.

В 1980 году пражане открыли памятник маршалу. Он махал жителям рукой, держа в руках, положенные освободителю цветы и улыбался. Но после распада социалистического лагеря памятники советским воинам стали бельмом на глазу новых, «демократических» режимов. То, что новая Россия, пересмотрев свою историю стала уважительно относиться к памяти чехов, воевавших в гражданскую войну против большевиков (и укравших часть золотого запаса России), роли не играло. По всему постсоветскому пространству начался варварский снос мемориалов. Если памятник было тяжело снести появлялись вандалы, обливавшие его краской, пытавшиеся сломать и испортить. Вандалов никогда не задерживали, ведь их действия шли на руку властям, которые могли надолго укрыть поврежденный памятник брезентом… до очистки! Вторым способом поглумиться над исторической памятью была установка «информационных табличек» со сведениями, переставлявшими исторические акценты. Скажем, Конев был объявлен в размещенным у памятника стенде душителем Венгерского восстания 1956 года и одним из тех, кто подавлял «Пражскую весну» в 1968. Что интересно, нигде на американских мемориалах не найти сведений о том, что командующий войсками США в Европе генерал Эйзенхауэр залил кровью Корейский полуостров и уничтожил сотни тысяч мирного населения. История умеет быть очень избирательной…

К примеру история Чехии как-то странно повествует о молчаливом предательстве Мюнхенского сговора и бескровной сдачи своей страны в марте 1939 года, когда почти без единого выстрела независимая страна превратилась в протекторат Богемии и Моравии. Русские войска, пускай и установив в стране социалистический строй вернули ей независимость, дали людям главное – право говорить на своем языке, свободно перемещаться по своей стране, не быть людьми второго сорта. В этом огромная заслуга Конева из которого сделали врага Чехии.

В преддверии 75-летия празднования Победы над Германией староста района Прага-6 Ондржей Коларж перешел к решительным действиям. Очевидно, его сотрудники не взирая на сложную эпидемиологическую ситуацию имеют много свободного времени, а демонтаж памятника куда более важен, чем помощь сидящим на карантине пражанам. Памятник был снят, естественно лебедкой за шею, что бы было обиднее, а Коларж цинично высказался: «Мы его демонтировали, т.к. у маршала не было маски». Странно, недавно Чехия присвоила огромную партию масок и других медикаментов, которые Китай отправил на помощь Италию. Неужели нельзя было хотя бы одной поделиться со спасителем Праги? Видимо, все уже распродали на черном рынке…

Коларж муниципальный чиновник, отвечающий, согласно чешскому законодательству перед местными депутатами. Все протесты российское посольство в Чехии будет адресовать в МИД страны. И, хотя чешские власти уже в мягкой форме критикуют ретивого Коларжа не факт, что он вернет памятник на место. Тем более, староста так хорошо «хайпанул» перед местными националистами. Заодно, если что, обвинит русских в росте числа заболевших в своем районе.

Вместе с тем, хорошо понятно, что местный чиновник скорее всего действовал с молчаливого одобрения центральных властей. Скорее всего, в Праге не ожидали, что в разгар короновируса Россия будет бурно протестовать, рассчитывая «обстряпать все под шумок». Вот только чешские политики забыли, что русские своих маршалов не бросают, а подобный демонтаж в преддверии юбилея Победы и вовсе расценят как пощечину. Самым обидным для россиян является то, что отдавать демонтированный памятник Чехия в лице властей Праги-6 не собирается, статуя Конева отправиться в некий музей освобождения, где и будет доломана в заказниках. У русских же, которые помнят своих героев всегда найдется достойная площадь для установки монумента героическому маршалу, вот только смелости хотя бы возвратить его российскому военному ведомству и взглянуть российским офицерам в глаза у шутника Коларжа видимо нет.

В условиях пандемии, у Москвы достаточно рычагов что бы отомстить Чехии. Можно, к примеру, конфисковать медицинские поставки из Китая, но так подло русские себя не ведут. А вот, о помощи российских военных медиков, за которую так благодарна России Италия и которую недавно получила Сербия, точно говорить теперь не приходиться..

Александр Шеффнер

93046290 1547445738758088 1715232311059939328 n

Źródło

https://israelperson.co.il/russkie-svoikh-ne-brosajut-dazhe-esli-18488.html?fbclid=IwAR2_wh39Z1nKjIYVtE5u-SwQhqBX7kgJlbhkMoxWqTlEQvfXV6sKB8BH32s

Galeria

  • akademia.JPG
  • bn.JPG
  • DSC05887.JPG
  • DSC05940.JPG
  • DSC05946.JPG
  • DSC06067.JPG
  • filia1.JPG
  • kazachowie.JPG
  • kombatanci.JPG
  • kombatanci1.JPG
  • lermontowk3.JPG
  • podsumowaniewoland.JPG
  • quiz.JPG
  • soczi2.jpg
  • sp4kreml2.JPG
  • UTW1.JPG
  • UTW2.JPG
  • _DSC1999.JPG
  • _DSC2184_Medium.JPG
  • _DSC2374_Medium.JPG
 

Archiwum artykułów

Partnerzy

Slupsk             

 

100

 

 
 oktan    rosyjski w krakowie   teatr wladca lalek           
 
 

CKiJR w Polsce